دو سال بعد از دستگیری «سالامون لین»، بقایای تشکیلاتی که او رهبریش را برعهده داشت اکنون تبدیل به یک گروه تروریستی جدید شده‌ است که در حال عملیات تروریستی در نقاط مختلف دنیا هستند. «ایتن هانت» و گروهش باید 3 کلاهک هسته ای را خنثی کنند که قرار است مراکز دینی دنیا (واتیکان، کعبه و بیت المقدس) را نابود کنند.