اعضای سازمان نهان‌جاندارشناسی «مونارک»، با درگیری میان هیولاهای غول‌پیکر (کایجوها) مواجه می‌شوند. گودزیلای قدرتمند با ماترا، رودان، و حریف نهایی‌اش، گیدورا شاه سه سر روبرو می‌شود. هنگامی که این ابرموجودات باستانی - که گمان می‌شد افسانه هستند - دوباره ظاهر می‌شوند، همگی برای برتری رقابت می‌کنند.