داستان «تاریکی شب، روشنایی روز» در دو برهه زمانی گذشته و حال اتفاق می‌افتد. این سریال قصه زندگی بهنام طریقت است که جریان روزمره حیاتش از مدار عادی خارج می‌شود. او مجبور است جواب چرایی مشکلات امروزش را در گذشته پیدا کند. بیش از 70 درصد از قصه در زمان حال روایت می‌شود و 30 درصد از ماجرا در گذشته رخ می‌دهد. بهنام طریقت به همراه همسرش در گذشته دانشجوی پزشکی بودند که فعالیت سیاسی هم داشتند.