«پرونده‌های ایکس» ماجراهای دو مامور اف بی آی به نام مولدر و اسکالی را دنبال می‌کند که بر روی پرونده‌هایی با جزئیات نامعلوم و غیرقابل باور کار می‌کنند. مولدر نیروهای ماوراالطبیعه را باور دارد ولی اسکالی فردی شکاک است و هر دو با همکاری یکدیگر به دنبال کشف رازهای پنهان این پرونده‌ها هستند.