برادران لاک‌پشت پس از سال‌ها حفاظت مخفیانه از دنیای انسان‌ها تصمیم می‌گیرند که قلب نیویورکی‌ها را به‌دست آورند و با اعمال قهرمانانه به‌عنوان نوجوانان عادی پذیرفته شوند. اپریل اونیل به آن‌ها در مقابله با یک سازمان تبه‌کاری منفور کمک می‌کند، اما لاک‌پشت‌های نینجا‌ خیلی زود با از راه رسیدن ارتشی از جهش‌یافته‌ها به دردسر می‌افتند.