در سریال «راز یک پرونده» افسران آگاهی با پرونده های مختلف دست و پنجه نرم می کنند. هر قسمت به پرونده های مختلفی از جمله کلاهبردای، آدم ربایی و غیره می پردازد و نشان می دهد که نیروی انتظامی، پلیس آگاهی، پلیس امنیت اقتصادی و راهور ناجا هر کدام چگونه در حل هر پرونده نقش دارند.