داستان فیلم دانه انجیر معابد، درباره یک قاضی دادگاه انقلاب تهران است که با شدت گرفتن اعتراض‌ها در سطح شهر، به‌طور مرموزانه‌ای اسلحه‌اش گم می‌شود. این مسئله او را درگیر بدگمانی و سوءظن حتی نسبت به همسر و دو دخترش می‌کند.