فیلم فرقه قاتلین داستان مردی به نام مایکل فاسبندر را روایت میکند که می فهمد جد بزرگوارش آگوآیر در قرن 15 و در کشور اسپانیا یک قاتل بوده است و با گروهی تبهکار که به تمپلار ها معروف اند می جنگیده است. برای همین کالوم به دنبال گنجینه های آگوآیر می گردد تا بتواند مهارت ها و فنون جنگی را از دست نوشته های او یاد بگیرد و بتواند انتقام بگیرد و خون اجدادش را از تمپلارها بگیرد...