شش ماه پس از رویدادهای قسمت قبل، نئو ( با بازی کیانو ریوز) و ترینیتی ( با بازی کری آن ماس) حالا به هم علاقه مند شده اند. مورفوس پیامی را از کاپتان نیوبی دریافت می کند که خواستار برگزاری دیداری فوری همه اعضای تیم می شود. ارتشی از ماشین ها عازم زایون هستند و باید هرچه سریع تر راهی برای مبارزه با آنها پیدا شود. همه نیروها آماده نبرد می شوند به جز یک نفر، تا امکان ارتباط با اوراکل را میسر نگه دارد.