فیلم «آکادمی قهرمان من: ماموریت قهرمانان جهان» داستان یک گروه تروریستی است. آن‌ها سمی را در شهر منتشر می‌کنند که توانایی‌های مردم شهر را از آن‌ها می‌گیرد. برای همین بزرگترین قهرمانان ژاپن دور هم جمع می‌شوند تا رئیس این گروه را دستگیر و بعد محاکمه کنند.