داستان فیلم «فیل در تاریکی» درباره یک جوان دانشجو است که در سالهای قبل از انقلاب اتومبیلی را وارد ایران می کند، بی خبر از آن که داخل اتومبیل مواد مخدر جاسازی شده است. قاچاقچی ها، جوان را گروگان می گیرند و برادر جوان وی تلاش برای آزاد شدن این دانشجو را آغاز می کند و….