داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، 20 سال پس از وقایع قسمت اول اتفاق می‌ افتد. انسان‌ ها پس از شکست دادن بیگانگان در قسمت اول ، از تکنولوژی‌ های آنها استفاده کردند تا به پیشرفت‌ های تکنولوژیکِ چشمگیری دست پیدا کنند و این مساله باعث خشم بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژی‌ های خود دوباره به زمین حمله می کنند و…