در سال 1326 در شهر ری به دنیا آمد. و در رشته معماری از دانشکده هنرهای زیبای دانشگاه تهران فارغ التحصیل شد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی همکاری خود را با واحد تلویزیونی جهاد سازندگی شروع کرد و به ساختن فیلم‌های مستند پرداخت. سلسله فیلم‌های مستند «روایت فتح» که آوینی علاوه بر کارگردانی، تدوین، نویسندگی و گویندگی آن‌ها را بر عهده داشت، یکی از موفق‌ترین برنامه‌های سیما درباره جنگ تحمیلی بوده است. وی طی سال های جنگ بیشتر فعالیت فیلمسازی خود را در جبهه ها متمرکز ساخت که حاصل آن فیلم های با ارزش و به یادماندنی از ایثارگری های رزمندگان اسلام در جبهه های جنگ تحمیلی است. پس از پایان گرفتن جنگ، آوینی در حوزه هنری سازمان تبلیغات اسلامی شروع به فعالیت کرد و سردبیری ماهنامه «سوره» را به عهده گرفت. در کنار فعالیت در حوزه هنری، به نوشتن نقد سینمایی و مقالات نظری در مطبوعات پرداخت. شهید آوینی ضمناً سرپرستی واحد تلویزیونی حوزه هنری، مؤسسه فرهنگی روایت فتح و دفتر مطالعات دینی هنر را نیز بر عهده داشت. سید مرتضی آوینی روز پنجشنبه 19 فروردین ماه 1372 هنگامی که برای فیلمبرداری مجموعه تلویزیونی «روایت فتح» به منطقه فکه رفته بود، بر اثر انفجار یک مین عمل نشده به شهادت رسید.